საპარტნიორო ფონდის CEO-ბა სახელმწიფო სტრუქტურებს შორის, ერთ–ერთი ყველაზე მაღალანაზღაურებადი თანამდებობაა. მიუხედავად, იმისა რომ ფონდის აღამსრულებელი დირექტორის ანაზღაურება ბოლო წლებში შემცირდა, ის აღემატება პრემიერის, მინისტრების და სხვა თანამდებობის პირების ანაზღაურებას.
2013 წლიდან, 2018 წლის ჩათვლით, მთავრობას საპარტნიორო ფონდის აღმასრულებელი დირექტორების ანაზღაურებაზე ჯამში 1 777 500 ლარი აქვს დახარჯული. აქედან 1 118 250 ლარის ანაზღაურება აქვს მიღებული მოქმედ ხელმძღვანელს დავით საგანელიძეს, ხოლო დანარჩენი თანხა კი ყოფილ ხელმძღვანელზე ირაკლი კოვზანაძეზე მოდის. კოვზანაძემ 2013 წელს ანაზღაურების სახით 323 250 ლარი მიიღო, ხოლო 2014 წელს კი 336 000 ლარი.
დავით საგანელიძის წლიური ხელფასი 2018 წელს 294 000 ლარი იყო, 2017 წელს კი 336 000 ლარი.
გამოდის, რომ საპარტნიორო ფონდის ხელმძღვანელი თვეში თანამდებობრივი სარგოს სახით, მინიმუმ 24 000 ლარს იღებს.
